Menurut salah satu nara sumber yang kami temui (pemangku) di Pura Jagatnatha Jembrana, mengakatan bahwa Pura Jagatnatha Jembrana didirikan untuk pemujaan Hyang Jagat Natha atau Hyang Jagat Karuna atau Sang Hyang Pasupati yaitu sebagai pencipta alam beserta isinya. Bangunan Padma sana ini terdiri dari beberapa bagian yaitu yang pertama terdapat patung naga yang melambangkan dasar bumi. Yang kedua terdapat kolam dan patung kura – kura yang melambangkan laut. Yang ketiga terdapat karang gajah di atas kura – kura yang melambangkan darat. Selanjutnya terdapat patung burung yang melambang udara.Dan yang paling atas melambangkan alam Siwa yaitu bulan dan bintang. Selain bangunan Padma sana, di utama mandala pura Jagatnatha ini juga terdapat banguna pelinggih ongkara, pengaruman / pepelik, anglurah, taksu dan juntandeg. Selain itu banyak juga terdapat bangunan – bangunan lainnya seperti bale peselang dan bale pengiasan yang digunakan untuk tempat mebanten, terdapat juga bangunan bale yang digunakan untuk tempat mejejaitan, bale gita yang digunakan untuk tempat persantian atau mekidung. Dan yang terakhir terdapat bale pawedan yang digunakan untuk para sulinggih saat melangsungkan upacara/yadnya.
Di areal madya mandala biasanya dipakai untuk tempat beristirahat atau mempersiapkan alat – alat persembahyangan sebelum melakukan persembahyangan di utama mandala.Areal madya mandala juga digunakan untuk persiapan sebelum pementasan atau hiburan di areal nista mandala.Pura Jagatnatha Jembrana ini sangat istimewa karena selain sebagai tempat sembahnyang pada umumnya, Pura Jagatnatha ini juga memiliki areal panggung di bagian depan (Nista mandala). Areal panggung ini sering digunakan untuk pementasan kesenian – kesenian tradisional Bali, seperti misalnya gong kebyar, hiburan drama, arja dan lain sebagainya yang sering dilaksanakan pada hari – hari bersejarah seperti hari kemerdekaan Indonesia (17 Agustus), hari ulang tahun kota Negara, dan pada hari raya keagamaan khususnya agama Hindu.
